Nas grutas do Alviela habitam cerca de 5 mil morcegos, de 12 espécies diferentes, entre as quais o Morcego-lanudo, possuindo assim a mais importante colónia desta espécie em Portugal.
     A existência destes morcegos é muito importante, pois controlam as pragas agrícolas e florestais, contribuindo para um menor uso de pesticidas na agricultura, sendo também os mais importantes predadores de insectos nocturnos voadores. O peso destes mamíferos varia entre as 5 e as 40 gramas e comem por dia uma quantidade de insectos que corresponde a metade do seu peso, mas estão em risco de extinção, devido à acção humana.

Algumas das espécies:

Morcego-de-ferradura-grande                                  Morcego-de-ferradura-pequeno

Morcego-de-ferradura-mediterrânico                          Morcego-lanudo

Morcego-rato-grande